پس از پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی و حاکمیت فرهنگ اهل بیت ( علیهم السلام )، شعار همدلی و اتحاد از سوی بنیانگذار انقلاب اسلامی و پس از ایشان از سوی مقام معظم رهبری و حوزه های علمیه ، مطرح گردید. این  امر هر چند موهبتی الهی برای جامعه اسلامی محسوب می شود ، اما مع الاسف در برخی موارد مورد سوء استفاده سران گمراه فرق و ادیان جهت تضعیف شیعیان قرار گرفت .

         معاونت تبلیغ  و آموزشهای کاربردی حوزه های علمیه جهت تقویت بنیه اعتقادی شیعیان و مقابله با تهاجم فرهنگی دشمن، پاسخگویی به شبهات و طرح سؤالات جدی درمورد فرق ضاله، اقدام به تأسیس مدیریت فرق و ادیان نمود تا با تقویت  بنیه  علمی مبلّغان و آشنایی هرچه بیشتر نخبگان و فرهیختگان با آسیبهای وارده و راهکارهای عملی در جهت تقویت شیعیان ، به ایفاء نقش خود که همانا ترویج فرهنگ و تفکر ناب محمدی است بپردازد .

1. شناسايي فعاليتها و روشهاي تبليغي فرق  و ادیان؛

2. مواجهه روشمند با فعاليتها و پاسخگویی به شبهات آنان؛

3. آموزش طلاب و روحانيون با توجه به نیازهای موجود در هر منطقه؛

4. فعال سازي تبليغ اينترنتي جهت مقابله با فعاليتهاي نرم افزاري؛

5. پرورش اساتيد مجرب جهت تدریس در دوره های آموزشی؛

6. تهيه متون آموزشي جهت دوره هاي مختلف؛

7. آموزش روش صحيح و منطقي مناظره با پيروان فرق ضالّه.